AMRexpert – онлайн-платформа для интерпретации, верификации и валидации результатов определения чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам | КМАХ

AMRexpert – онлайн-платформа для интерпретации, верификации и валидации результатов определения чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам

Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2023; 25(1):68-76

​ Виноградова А.Г., Кузьменков А.Ю., Трушин И.В., Эйдельштейн М.В., Сухорукова М.В., Старостенков А.А.
10.36488/cmac.2023.1.68-76
антибиотикорезистентность интерпретация онлайн-платформа AMRexpert
Раздел
Антибиотикорезистентность
Тип
Оригинальная статья
Публикация
Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2023; 25(1):68-76

Цель.

Рассмотреть ключевые принципы работы и функциональные возможности онлайн-платформы AMRexpert.

Материалы и методы.

Информационный компонент платформы представлен набором правил, созданных на основе комплекса рекомендаций EUCAST, и различными стандартами для интерпретации результатов определения чувствительности (EUCAST, CLSI версии 2020-2022 гг.). Техническая часть платформы разработана с использованием языка программирования C#, фреймворков Angular и Bootstrap. Для практического представления платформы были проанализированы результаты определения чувствительности к антимикробным препаратам для конкретных изолятов Serratia marcescens, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus saprophyticus, Enterococcus faecium с использованием критериев интерпретации EUCAST v.12.0, 2022.

Результаты.

Разработанная платформа для оценки микробиологических заключений включает широкий перечень экспертных правил, различные стандарты для интерпретации результатов определения чувствительности к антимикробным препаратам. Последовательное внесение данных, возможность переключения форм между несколькими микроорганизмами и представление итогов оценки в виде блоков позволяет структурировать всю необходимую информацию. Практическое использование платформы доступно в отношении различных возбудителей инфекционных заболеваний. Быстрое и эффективное взаимодействие между пользователями обеспечивается разными вариантами обмена и сохранения результатов работы платформы.

Выводы.

Созданное веб-приложение позволяет комплексно оценивать микробиологические заключения с возможностью последующего применения полученных результатов для назначения антимикробной терапии. С платформой для интерпретации, верификации и валидации результатов определения чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам – AMRexpert можно ознакомиться по адресу https://amrexpert.ru.

Виноградова Алина Геннадьевна

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

Кузьменков Алексей Юрьевич

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

Трушин Иван Витальевич

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

Эйдельштейн Михаил Владимирович

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

Сухорукова Марина Витальевна

ФГАУ «Национальный медицинский исследовательский центр нейрохирургии им. акад. Н.Н. Бурденко» Минздрава России, Москва, Россия

Старостенков А.А.

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

  • 1. Kraker M.E.A., Stewardson A.J., Harbarth S. Will 10 million people die a year due to antimicrobial resistance by 2050? PLoS Med. 2016;13(11):e1002184. DOI: 10.1371/journal.pmed.1002184
  • 2. Leekha S., Terrell C.L., Edson R.S. General principles of antimicrobial therapy. Mayo Clin Proc. 2011;86(2):156167. DOI: 10.4065/mcp.2010.0639
  • 3. Kadri S.S., Lai Y.L., Warner S., Strich J.R., Babiker A., Ricotta E.E., et al. Inappropriate empirical antibiotic therapy for bloodstream infections based on discordant in-vitro susceptibilities: a retrospective cohort analysis of prevalence, predictors, and mortality risk in US hospitals. Lancet Infect Dis. 2021;21(2):241-251. DOI: 10.1016/S1473-3099(20)30477-1
  • 4. Elango D. General principles of antimicrobial therapy. In: Paul A., Anandabaskar N., Mathaiyan J., Raj G.M., Eds. Introduction to basics of pharmacology and toxicology. Springer, Singapore. 2021. DOI: 10.1007/978-981-336009-9_52
  • 5. Klinker K.P., Hidayat L.K., DeRyke C.A., DePestel D.D., Motyl M., Bauer K.A. Antimicrobial stewardship and antibiograms: importance of moving beyond traditional antibiograms. Ther Adv Infect Dis. 2021;8:20499 3612110113. DOI: 10.1177/20499361211011373
  • 6. Lueangarun S., Leelarasamee A. Impact of inappropriate empiric antimicrobial therapy on mortality of septic patients with bacteremia: a retrospective study. Interdiscip Perspect Infect Dis. 2012;2012:e765205. DOI: 10.1155/2012/765205
  • 7. Fournier P.-E., Drancourt M., Colson P., Rolain J.-M., Scola B.L., Raoult D. Modern clinical microbiology: new challenges and solutions. Nat Rev Microbiol. 2013;11(8):574-585. DOI: 10.1038/nrmicro3068
  • 8. Yarbrough M.L., Wallace M.A., Potter R.F., D’Souza A.W., Dantas G., Burnham C.D. Breakpoint beware: reliance on historical breakpoints for Enterobacteriaceae leads to discrepancies in interpretation of susceptibility testing for carbapenems and cephalosporins and gaps in detection of carbapenem-resistant organisms. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2020;39(1):187-195. DOI: 10.1007/s10096-01903711-y
  • 9. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Available at: www.eucast.org. Accessed December 15, 2022.
  • 10. Leclercq R., Cantón R., Brown D.F.J., Giske C.G., Heisig P., MacGowan A.P., et al. EUCAST expert rules in antimicrobial susceptibility testing. Clin Microbiol Infect. 2013;19(2):141-160. DOI: 10.1111/j.14690691.2011.03703.x
  • 11. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters. Version 12.0.; 2022. Available at: www.eucast.org. Accessed December 15, 2022.
  • 12. Kahlmeter G., Giske C.G., Kirn T.J., Sharp S.E. Pointcounterpoint: differences between the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing and Clinical and Laboratory Standards Institute Recommendations for reporting antimicrobial susceptibility results. Caliendo A.M., ed. J Clin Microbiol. 2019;57(9). DOI: 10.1128/JCM.01129-19
  • 13. Turner P., Ashley E.A. Standardising the reporting of microbiology and antimicrobial susceptibility data. Lancet Infect Dis. 2019;19(11):1163-1164. DOI: 10.1016/S1473-3099(19)30561-4
  • 14. Francés-Cuesta C., Sánchez-Hellín V., Gomila B., GonzálezCandelas F. Is there a widespread clone of Serratia marcescens producing outbreaks worldwide? J Hosp Infect. 2021;108:7-14. DOI: 10.1016/j.jhin.2020.10.029
  • 15. Cristina M.L., Sartini M., Spagnolo A.M. Serratia marcescens infections in neonatal intensive care units (NICUs). Int J Environ Res Public Health. 2019;16(4):610. DOI: 10.3390/ijerph16040610
  • 16. Vinogradova A.G., Kuzmenkov A.Yu. Application of AMRmap: «from the general to the specific» approach by the example of Klebsiella pneumoniae. Kliniceskaa mikrobiologia i antimikrobnaa himioterapia. 2019;21(2):181-186. Russian. (Виноградова А.Г., Кузьменков А.Ю. Практическое применение AMRmap: элементы подхода «от общего к частному» на примере Klebsiella pneumoniae. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019;21(2):181-186.) DOI: 10.36488/cmac.2019.2.181-186
  • 17. Kuzmenkov A.Yu., Vinogradova A.G., Trushin I.V., Edelstein M.V., Avramenko A.A., Dekhnich A.V., Kozlov R.S. AMRmap – antibiotic resistance surveillance system in Russia. Kliniceskaa mikrobiologia i antimikrobnaa himioterapia. 2021;23(2):198-204. Russian. (Кузьменков А.Ю., Виноградова А.Г., Трушин И.В., Эйдельштейн М.В., Авраменко А.А., Дехнич А.В., Козлов Р.С. AMRmap – система мониторинга антибиотикорезистентности в России. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2021;23(2):198-204.) DOI: 10.36488/cmac.2021.2.198-204
  • 18. Skleenova E.Yu., Azizov I.S., Shek Е.А., Edelstein M.V., Kozlov R.S., Dekhnich A.V. Pseudomonas aeruginosa: the history of one of the most successful nosocomial pathogens in Russian hospitals. Kliniceskaa mikrobiologia i antimikrobnaa himioterapia. 2018;20(3):164-171. Russian. (Склеенова Е.Ю., Азизов И.С., Шек Е.А., Эйдельштейн М.В., Козлов Р.С., Дехнич А.В. Pseudomonas aeruginosa в РФ: история одного из наиболее успешных нозокомиальных патогенов. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2018;20(3):164-171.) DOI: 10.36488/cmac.2018.3.164-171
  • 19. Lawal O.U., Fraqueza M.J., Bouchami O., Worning P., Bartels M.D., Gonçalves M.L., et al. Foodborne origin and local and global spread of Staphylococcus saprophyticus causing human urinary tract infections. Emerg Infect Dis. 2021;27(3):880-893. DOI: 10.3201/eid2703.200852
  • 20. Gao W., Howden B.P., Stinear T.P. Evolution of virulence in Enterococcus faecium, a hospital-adapted opportunistic pathogen. Curr Opin Microbiol. 2018;41:76-82. DOI: 10.1016/j.mib.2017.11.030
Просмотров
0 Аннотация
0 PDF
0 Цитирования
Поделились