AMRmap – система мониторинга антибиотикорезистентности в России | КМАХ

AMRmap – система мониторинга антибиотикорезистентности в России

Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2021; 23(2):198-204

​ Кузьменков А.Ю., Виноградова А.Г., Трушин И.В., Эйдельштейн М.В., Авраменко А.А., Дехнич А.В., Козлов Р.С.
10.36488/cmac.2021.2.198-204
антибиотикорезистентность мониторинг онлайн-платформа AMRmap
Раздел
Антибиотикорезистентность
Тип
Оригинальная статья
Публикация
Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2021; 23(2):198-204

Цель.

Представить основные принципы и функциональные возможности онлайн-платформы AMRmap.

Материалы и методы.

Платформа была разработана с использованием языка программирования «R» и различных загружаемых модулей – пакетов. Клиническая категория чувствительности микроорганизмов устанавливается и ежегодно обновляется согласно действующим рекомендациям EUCAST. Описательный анализ включает расчет абсолютных и относительных частот, медианных значений, доверительных интервалов по методу Уилсона. Сравнение категориальных переменных выполняется с помощью точного теста Фишера и поправки Холма на множественные сравнения. Применяются алгоритмы для визуализации множественных сравнений, ядерная регрессия для анализа трендов, а также алгоритмы для поиска ассоциативных правил.

Результаты.

Разработанная система мониторинга включает модули по фильтрации, анализу и визуализации данных по антибиотикорезистентности. Возможность фильтрации помогает создавать выборку данных с определенным перечнем параметров. Разделение вариантов анализа и представления данных по вкладкам обеспечивает эффективную поэтапную оценку результатов. Быстрая и качественная работа поддерживается функциями сохранения и обмена данными.

Выводы.

Информационное веб-приложение реализует удобный способ анализа данных, полученных в рамках проспективных многоцентровых исследований по оценке антибиотикорезистентности на территории России. С картой антибиотикорезистентности AMRmap можно ознакомиться по адресу https://amrmap.ru.

Кузьменков Алексей Юрьевич

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

Виноградова Алина Геннадьевна

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

Трушин Иван Витальевич

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

Эйдельштейн Михаил Владимирович

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

Авраменко Андрей Алексеевич

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

Дехнич Андрей Владимирович

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

Козлов Роман Сергеевич

НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ Минздрава России, Смоленск, Россия

  • 1. Ferri M., Ranucci E., Romagnoli P., Giaccone V. Antimicrobial resistance: a global emerging threat to public health systems. Crit Rev Food Sci Nutr. 2017;57(13):28572876. DOI: 10.1080/10408398.2015.1077192
  • 2. Sultan I., Rahman S., Jan A.T., Siddiqui M.T., Mondal A.H., Haq Q.M. Antibiotics, resistome and resistance mechanisms: a bacterial perspective. Front Microbiol. 2018;9:2066. DOI: 10.3389/fmicb.2018.02066
  • 3. Chaudhary A.S. A review of global initiatives to fight antibiotic resistance and recent antibiotics’ discovery. Acta Pharm Sin B. 2016;6(6):552-556. DOI: 10.1016/j.apsb.2016.06.004
  • 4. Tacconelli E., Sifakis F., Harbarth S., Schrijver R., van Mourik M., Voss A., et al. Surveillance for control of antimicrobial resistance. Lancet Infect Dis. 2018;18(3):e99-e106. DOI: 10.1016/S14733099(17)30485-1
  • 5. Statens Serum Institut. The Danish Integrated Antimicrobial Resistance Monitoring and Research Programme. Available at: www.danmap.org. Accessed March 2021.
  • 6. The Public Health Agency of Sweden. A report on Swedish Antibiotic Sales and Resistance in Human Medicine and Swedish Veterinary Antibiotic Resistance Monitoring. Available at: www.sva.se/en/our-topics/antibiotics/svarmresistance-monitoring/swedres-svarm-reports/. Accessed March 2021.
  • 7. The Ministry of Health Labour and Welfare. Japan Nosocomial Infections Surveillance. Available at: https://janis.mhlw.go.jp/english/about/index.html. Accessed March 2021.
  • 8. European Centre for Disease Prevention and Control. Antimicrobial Resistance in the EU/EEA (EARS-Net). Annual Report 2019. Available at: www.euro.who.int/__data/assets/pdf_file/0003/418863/53373-WHO-CAESARannual-report-2019.pdf. Accessed March 24, 2021.
  • 9. The Center for Disease Dynamics Economics & Policy. ResistanceMap: Antibiotic resistance. Available at https://resistancemap.cddep.org/AntibioticResistance.php. Accessed March 21, 2021.
  • 10. WHO/Europe. Central Asian and European Surveillance of Antimicrobial Resistance. Annual report 2019. Available at www.euro.who.int/__data/assets/pdf_file/0003/418863/53373-WHO-CAESAR-annualreport-2019.pdf. Accessed March 24, 2021.
  • 11. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint Tables for Interpretation of MICs and Zone Diameters. Version 11.0.; 2021. Available at: www. eucast.org. Accessed March 2021.
  • 12. R Core Team. A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. Available at: www.r-project.org. Accessed March 2021.
  • 13. Chang W., Cheng J., Allaire J., Sievert C., Schloerke C., Xie Y., et al. Web application framework for R. R package version 1.6.0. Available at: https://cran.r-project.org/package=shiny. Accessed March 2021.
  • 14. Wickham H., Chang W., Henry L., Pedersen T., Takahashi K., Wilke C., et al. Create elegant data visualisations using the grammar of graphics. R package version 3.3.3. Available at: https://cran.r-project.org/package=ggplot2. Accessed March 2021.
  • 15. Dowle M., Srinivasan A., Gorecki J., Chirico M., Stetsenko P., Short T., et al. Extension of «data.frame». R package version 1.14.0. Available at: https://r-datatable.com. Accessed March 2021.
  • 16. Xie Y., Cheng J., Tan X., Allaire J., Girlich M., Ellis G., et al. A wrapper of the JavaScript library «DataTables». R packages version 0.17. Available at: https://cran.r-project.org/package=DT. Accessed March 2021.
  • 17. Almende B., Benoit T., Titouan R. Network visualization using «vis.js» library. R package version 2.0.9. Available at: https://cran.r-project.org/package=visNetwork. Accessed March 2021.
  • 18. Cheng J., Karambelkar B., Xie Y., Wickham H., Russell K., Johnson K., et al. Create interactive web maps with the JavaScript «Leaflet» library. R package version 2.0.4.1. Available at: https://cran.r-project.org/package=leaflet. Accessed March 2021.
  • 19. Kunst J., Agostinho N., Noriega D., Hadley M., Flores E., Kilfoyle D., et al. Highcharter: a wrapper for the «Highcharts» library. R package version 0.8.2. Available at: https://cran.r-project.org/package=highcharter. Accessed March 2021.
  • 20. Hahsler M., Buchta C., Gruen B., Hornik K., Johnson I., Borgelt C. Mining association rules and frequent itemsets. R package version 1.6-6. Available at: https://cran.r-project.org/package=arules. Accessed March 2021.
  • 21. Kuzmenkov A.Y., Vinogradova A.G. Antimicrobial resistance monitoring: a review of information resources. Bull Sib Med. 2020;19(2):163-170. DOI: 10.20538/16820363-2020-2-163-170
  • 22. Diallo O.O., Baron S.A., Abat C., Colson P., Chaudet H., Rolain J-M. Antibiotic resistance surveillance systems: A review. J Glob Antimicrob Resist. 2020;23:430-438. DOI: 10.1016/j.jgar.2020.10.009
  • 23. Schnall J., Rajkhowa A., Ikuta K., Rao P., Moore C.E. Surveillance and monitoring of antimicrobial resistance: limitations and lessons from the GRAM project. BMC Med. 2019;17(1):176. DOI: 10.1186/s12916-019-1412-8
Просмотров
0 Аннотация
0 PDF
0 Цитирования
Поделились