Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2025; 27(4):524-536
На основе результатов полногеномного секвенирования дать генетическую характеристику S. aureus, выявленных в реанимационном отделении инфекционного госпиталя в период пандемии COVID-19.
С помощью полногеномного секвенирования на платформе Illumina MiSeq были получены 20 последовательностей S. aureus, изолированных от пациентов и с объектов внешней среды. Проведен биоинформационный анализ, включающий типирование, определение детерминант резистентности и вирулентности, плазмидных репликонов и филогенетический анализ.
Выявлено значительное генетическое разнообразие S. aureus, включая четыре клональных комплекса (CC): CC15 – 6⁄20 (30%), CC8 – 3⁄20 (15%), CC22 – 2⁄20 (10%) и CC97 – 2⁄20 (10%), 7⁄20 (35%) изолятов имели неопределенный СС. Изоляты CC8 и CC22 обнаружены только на средствах индивидуальной защиты (СИЗ) персонала, что указывает на роль СИЗ в передаче внутрибольничной инфекции. Филогенетический анализ показал кластеризацию со штаммами из разнообразных регионов. Выявлены гены резистентности к 9 классам антибиотиков, включая бета-лактамы (blaZ, mecA), тетрациклины (tet(38)) и фосфомицины (fosB). Гены вирулентности (токсины, супрессирующие иммунитет, экзоферменты) были обнаружены с высокой частотой (> 90%). Плазмидные репликоны (например, rep16, rep5a) были выявлены у 17⁄20 (85%) изолятов, что указывает на потенциал горизонтального переноса генов резистентности.
Полученные данные свидетельствуют о сложной внутрибольничной экосистеме S. aureus в реанимационном отделении инфекционного госпиталя, характеризующейся значительным генетическим разнообразием, высокой частотой детерминант антимикробной резистентности и вирулентности, выраженным плазмидным пулом. Доминирование изолятов, выделенных с СИЗ персонала, подчеркивает необходимость усиления мер инфекционного контроля для предотвращения распространения потенциально патогенных и полирезистентных штаммов S. aureus в условиях стационара.