филогенетический анализ

Цель. На основе результатов полногеномного секвенирования дать генетическую характеристику S. aureus, выявленных в реанимационном отделении инфекционного госпиталя в период пандемии COVID-19. Материалы и методы. С помощью полногеномного секвенирования на платформе Illumina MiSeq были получены 20 последовательностей S. aureus, изолированных от пациентов и с объектов внешней среды. Проведен биоинформационный анализ, включающий типирование, определение детерминант резистентности и вирулентности, плазмидных репликонов и филогенетический анализ. Результаты. Выявлено значительное генетическое разнообразие S. aureus, включая четыре клональных комплекса (CC): CC15 – 6⁄20 (30%), CC8 – 3⁄20 (15%), CC22 – 2⁄20 (10%) и CC97 – 2⁄20 (10%), 7⁄20 (35%) изолятов имели неопределенный СС.

Цель. В 2023–2024 году в Москве был отмечен рост заболеваемости пневмонией, вызванной M. pneumoniae. Для изучения молекулярно-генетических особенностей патогена, наибольшей информативностью обладают полногеномные последовательности. Однако, в настоящее время количество геномных данных M. pneumoniae крайне ограничено. Геномные данные актуальных для Российской Федерации изолятов до настоящего исследования в открытых источниках отсутствовали. Таким образом, целью исследования стало получение культур и полногеномных последовательностей изолятов M. pneumoniae, актуальных для РФ, их полная аннотация и изучение молекулярно-генетических характеристик.

Вид Treponema pallidum включает в себя 4 подвида микроорганизмов, вызывающих инфекционные заболевания с общим названием – трепонематозы. Согласно биоинформатическому анализу данных полногеномного секвенирования возбудитель сифилиса T. pallidum subsp. …