Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2024; 26(1):67-78
Изучить распространенность устойчивости к антибиотикам и основные механизмы резистентности, включая продукцию карбапенемаз, у клинических изолятов и Klebsiella pneumoniae и Escherichia coli, выделенных в различных регионах России в рамках многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН» в 2020–2021 гг., а также исследовать структуру популяции K. pneumoniae и роль «клонов высокого риска» в распространении антибиотикорезистентности.
Были исследованы изоляты K. pneumoniae (n = 2503) и E. coli (n = 2055), выделенные от госпитализированных пациентов в 55 стационарах 29 городов России. Идентификация проводилась методом времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS). Чувствительность к антибиотикам определяли методом последовательных разведений в бульоне или агаре (для фосфомицина), результаты интерпретировали согласно критериям EUCAST v13. Продукцию карбапенемаз определяли фенотипически методом инактивации карбапенемов (CIM), наличие генов наиболее распространенных сериновых карбапенемаз (KPC, OXA-48) и металло-β-лактамаз (VIM, IMP, NDM) – методом ПЦР в реальном времени. Генотипирование K. pneumoniae проводили с помощью методов SNP-типирования и мультилокусного секвенирования-типирования (MLST). Определение К- и О-серотипов, приобретенных генов резистентности и вирулентности, а также плазмид, несущих эти гены, проводили на основании данных полногеномного секвенирования выборочных изолятов (n = 215).
Устойчивость нозокомиальных/внебольничных изолятов K. pneumoniae составила: амоксициллин-клавуланат – 88,63⁄57,99%, пиперациллин-тазобактам – 82,92⁄45,49%, цефотаксим – 87,74⁄56,97%, цефтазидим – 84,76⁄53,07%, цефепим – 81,43⁄49,18%, азтреонам – 1,63⁄53,28%, цефтазидим-авибактам – 30,88⁄9,22%, цефтолозан-тазобактам – 70,06/31,35%, эртапенем – 72,10⁄28,69%, меропенем – 49,60⁄15,16%, имипенем – 44,54⁄13,73%, гентамицин – 60,82⁄30,33%, амикацин – 42,06/17,21%, ципрофлоксацин – 85,10⁄49,39%; триметоприм-сульфаметоксазол – 74,38⁄48,16%, колистин – 5,96⁄2,25%. Устойчивость нозокомиальных/ внебольничных изолятов E. coli составила: ампициллин – 84,93⁄67,67%, амоксициллин-клавуланат – 57,37⁄39,73%, пиперациллин-тазобактам – 19,48⁄8,70%, цефотаксим – 63,83⁄34,19%, цефтазидим – 45,32⁄20,34%, цефепим – 35,95⁄16,61%, азтреонам – 51,78⁄26,11%, цефтазидим-авибактам – 5,71⁄0,80%, цефтолозан-тазобактам – 11,95⁄2,22%, эртапенем – 8,18⁄1,42%, меропенем – 5,17⁄0,53%, имипенем – 4,95⁄0,36%, гентамицин – 24,54⁄13,68%, амикацин – 5,49⁄1,42%, ципрофлоксацин – 54,14⁄32,50%, триметоприм-сульфаметоксазол – 52,21⁄38,54%, фосфомицин – 2,48⁄1,43%, колистин – 1,60⁄1,07%, тигециклин – 6,35⁄3,11%. Частота продукции карбапенемаз среди нозокомиальных изолятов K. pneumoniae составила 65,32% (OXA-48 – 40,75%, NDM – 30,28%, KPC – 8,74%, OXA-48 + NDM – 10,62%, OXA-48 + KPC – 2,98%, NDM + KPC – 0,45%, OXA-48 + NDM + KPC – 0,20%). Более 70% нозокомиальных изолятов K. pneumoniae принадлежали всего к 7 основным генетическим линиям, известным как «международные клоны высокого риска»: CC395 – 37,40%, CC23 – 9,59%, CC307 – 8,64%, CC147 – 7,61%, CC15 – 2,95%, CC258 – 2,92% и CC11 – 2,41%. Внебольничная популяция K. pneumoniae характеризовалась значительно большим генетическим разнообразием (индекс разнообразия Симпсона: D = 0,919; 95% ДИ: 0,904 – 0,933) по сравнению с популяцией госпитальных штаммов (индекс разнообразия Симпсона: D = 0,815; 95% ДИ: 0,802 – 0,827). Штаммы «гипервирулентной» генетической линии K. pneumoniae СС23 встречались чаще при внебольничных инфекциях.
Крайне высокая частота резистентности к цефалоспоринам у K. pneumoniae (> 80%) и E. coli (> 60%), а также высокая частота сочетанной устойчивости к аминогликозидам и фторхинолонам исключают возможность их эмпирического применения для лечения серьезных нозокомиальных инфекций, вызванных данной группой бактерий. У K. pneumoniae отмечается быстрое нарастание устойчивости к карбапенемам, в основном за счет распространения карбапенемаз трех основных групп: OXA-48, NDM и KPC. Одновременно с ростом частоты продукции карбапенемаз следует отметить увеличение их разнообразия и доли штаммов, несущих гены NDM и KPC карбапенемаз, а также штаммов, несущих гены нескольких карбапенемаз одновременно. При внебольничных инфекциях основной клинически значимой проблемой является сохраняющаяся высокая частота устойчивости к цефалоспоринам у наиболее частого возбудителя – E. coli (> 30%), а также у K. pneumoniae (> 50%).