Методологические подходы к определению чувствительности штаммов Salmonella к фторхинолонам

Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020; 22(4):314-320

Тип
Оригинальная статья

Цель.

Оценить эффективность различных подходов к определению чувствительности штаммов Salmonella, включая S. typhi, к фторхинолонам, учитывая молекулярные механизмы резистентности.

Материалы и методы.

Сравнили значения МПК ципрофлоксацина с диаметрами зон подавления роста вокруг диска с пефлоксацином, 5 мкг (310 штаммов) и налидиксовой кислотой, 30 мкг (420 штаммов). МПК ципрофлоксацина определяли методами градиентной диффузии и последовательных разведений в бульоне. Использовали агар и бульон Мюллера – Хинтон, диски и полоски с антибиотиками производства Oxoid (Великобритания). Изучили молекулярные механизмы резистентности к хинолонам у 19 штаммов. Характер мутаций в QRDR-регионе генов gyrA, gyrB, parC и parЕ и наличие генов, ассоциированных с плазмидами (qnr, aac-(6’)-1b и др.), оценили путем анализа последовательностей, полученных методом полногеномного секвенирования с использованием сервиса ResFinder биоинформационной платформы Center of Genomic Epidemiology. Геномные ДНК-библиотеки готовили с использованием набора реагентов MiSeq Nextera XT Library Preparation Kit (Illumina, США). Секвенирование проводили на приборе MiSeq (Illumina, США) с набором реагентов MiSeq Reagent Kit v3 600 cycles (Illumina, США). Сборку и анализ геномов проводили с помощью CLC Genomics Workbench 8.0 (QIAGEN, США).

Результаты.

Несмотря на высокую конкордантность МПК ципрофлоксацина и результатов скрининговых тестов с дисками пефлоксацина (совпадение категории чувствительности для 96,5% штаммов) и налидиксовой кислотой (совпадение для 98,1% штаммов), результаты, полученные для некоторых устойчивых штаммов, противоречили друг другу, что создало вероятность ошибочной категоризации штамма при тестировании одним методом. Расхождение результатов было получено в 19 случаях сравнения, причем в 3 случаях оно имело объективную причину, а именно наличие у штаммов «парадоксального» фенотипа устойчивости, обусловленного плазмидным механизмом (ген qnrS). Остальные расхождения наблюдались в том случае, если полученные значения являлись пограничными: МПК ципрофлоксацина – 0,06 мг/л, диаметр зоны подавления роста для пефлоксацина – 24 мм. Повторное тестирование штаммов выявило колебания значений вокруг пограничного: МПК – 0,06–0,12 мг/л, диаметр – 23–25 мм.

Выводы.

При определении чувствительности штаммов Salmonella к фторхинолонам целесообразно ввести категорию «Зона технической неопределенности»: МПК ципрофлоксацина – 0,06 мг/л, диапазон диаметра зоны подавления роста для пефлоксацина – 23–25 мм. При проведении скрининга диско-диффузионным методом необходимо использовать пефлоксацин и налидиксовую кислоту

Просмотров
0 Аннотация
0 PDF
0 Цитирования
Поделились