Изучение генетического разнообразия штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных в многопрофильном медицинском центре г. Москвы, с помощью секвенирования нового поколения

Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019; 21(1):69-74

Тип
Журнальная статья

Цель.

Изучить генетическое разнообразие штаммов K. pneumoniae, выделенных в Национальном медико-хирургическом центре им. Н.И. Пирогова г. Москвы, с помощью секвенирования нового поколения.

Материалы и методы.

В анализ включено 19 штаммов K. pneumoniae (18 из различного биологического материала и 1 с объектов внутрибольничной среды), выделенных в медико-хирургическом центре в период с 30 января по 9 октября 2017 г., фенотипически проявляющих множественную резистентность к антимикробным препаратам. Секвенирование ДНК штаммов проводилось на приборе Illumina HiSeq1500 с использованием наборов Illumina HiSeq PE Rapid Cluster Kit v2 и Illumina HiSeq Rapid SBS Kit v2.

Результаты.

Все исследованные штаммы относились к 9 различным сиквенс-типам. Один из штаммов имел новый аллельный профиль. Обнаружен штамм с геном карбапенемазы, который относится к филогенетической линии, отличающейся повышенной патогенностью для человека. Во всех штаммах выявлены гены бета-лактамаз SHV-типа. Доля штаммов с генами бета-лактамаз CTX-M-типа составила 63,2%, OXA-типа — 68,4%, TEM-типа — 57,9%; в двух штаммах обнаружены гены металло-бета-лактамазы NDM-1. Практически во всех штаммах присутствовали гены нескольких типов бета-лактамаз одновременно. У всех 19 штаммов выявлены плазмид-ассоциированные детерминанты резистентности к фторхинолонам и ген *fos*A, обеспечивающий резистентность к фосфомицину.

Выводы.

Выводы. Проведённое исследование показало высокую гетерогенность штаммов K. pneumoniae. Преобладания какого-либо одного сиквенс-типа не обнаружено. Выявлены гипервирулентные штаммы сиквенс-типа ST23 и штаммы сиквенс-типов «высокого риска» (ST11 и ST147). В двух штаммах, относящихся к ST23, обнаружены бета-лактамазы blaSHV-1, blaCTX-M-55, blaOXA-1 и blaSHV-1, blaOXA-48 соответственно. Основным механизмом множественной устойчивости к антимикробным препаратам являлась продукция бета-лактамаз. Колистин был единственным препаратом, к которому сохраняли чувствительность все выделенные в центре штаммы K. pneumoniae.

Просмотров
0 Аннотация
0 PDF
0 BibTeX
Поделились
0
0
0
0
0
0