Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2025; 27(4):516-523
Оценка качества выявляемости бактерий Mycoplasma hominis, Ureaplasma spp. методом секвенирования гена 16S рРНК с использованием аккредитованных контрольных материалов, предназначенных для проведения внешнего контроля качества ПЦР-исследований.
Контрольные материалы, полученные в рамках прохождения программы МСИ «ФСВОК»: «Выявление ДНК Mycoplasma hominis, Ureaplasma species, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum ПЦР (ИППП)», были проанализированы методом секвенирования гена 16S рРНК на приборе Illumina MiSeq. Контрольные наборы образцов были представлены лиофилизированными растворами геномной ДНК M. hominis, U. urealyticum, U. parvum в заданных концентрациях и геномной ДНК человека в концентрации не менее 2 × 105 копий/мл в двух циклах (август и октябрь 2024 г.).
Нами было проанализировано 16 контрольных образцов, которые были получили в двух циклах МСИ. Анализ контрольных материалов, представленных в программе МСИ «ФСВОК», методом секвенирования гена 16S рРНК позволил точно произвести качественную оценку наличия и отсутствия условно-патогенных микроорганизмов, таких как M. hominis, Ureaplasma spp. Ограничением метода является затрудненная видовая идентификация Ureaplasma parvum/ urealyticum из-за сходства в нуклеотидной последовательности в V3-V4 региона 16S рРНК. Несмотря на очень высокую чувствительность метода и выявление других микроорганизмов в крайне низких значениях (< 0,1%), отрицательный контрольный образец, не содержащий искомых бактериальных маркеров, в двух циклах программы не выявил M. hominis, Ureaplasma spp., что говорит об отсутствии контаминации на всех этапах лабораторного исследования, производства ОПК и хранения и рассылки организатором МСИ, а также отсутствии ложноположительных результатов в рамках применения метода секвенирования гена 16S рРНК.
Данный метод исследования позволил достоверно определить ДНК M. hominis, Ureaplasma spp., U. urealyticum, U. parvum и остальных микроорганизмов в контрольных образцах, которые могут иметь клиническую значимость при оценке микробиоценоза влагалища, что является преимуществом по сравнению с ПЦР-методом, предназначенным для выявления конкретных представителей.