Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2025; 27(3):417-424
Разработать и провести первый этап валидации ПЦР-теста для выявления ключевых мутаций в V домене гена 23S рРНК M. pneumoniae (A2058G, A2059G, A2062C), позволяющего определять мутации, опосредующие устойчивость к макролидам у M. pneumoniae в образцах нативного биоматериала.
В исследование включена панель образцов ДНК M. pneumoniae (n = 107) из коллекции многоцентрового исследования DeMaRes (https://amrcloud.net/ru/project/demares/), а также использован нативный биоматериал (n = 52): орофарингеальные мазки (n = 45), трахеальный аспират (n = 4) и бронхоальвеолярный лаваж (n = 3), полученный за период с марта по апрель 2025 г. из ГБУЗ «ДГКБ № 9 им. Г.Н. Сперанского». Выделение нуклеиновых кислот из нативного биоматериала проводили с помощью набора «РИБО-преп». Характер мутаций в гене 23S рРНК M. pneumoniae предварительно определяли посредством секвенирования по Сэнгеру, который использовали в качестве референсного метода. Концентрацию контрольных плазмид, необходимых для оценки аналитической чувствительности созданного теста, определяли с помощью метода цифровой капельной ПЦР.
Разработанный ПЦР-тест успешно прошел первый этап валидации, продемонстрировав возможность надежного выявления ключевых мутаций в V домене гена 23S рРНК M. pneumoniae при анализе различных типов биологического материала, включая орофарингеальные мазки, мокроту, трахеальный аспират и бронхоальвеолярный лаваж. Полученные результаты подтверждают способность теста идентифицировать макролидорезистентные штаммы M. pneumoniae непосредственно в клинических образцах, продемонстрировав 100% диагностическую чувствительность и диагностическую специфичность в выявлении ДНК M. pneumoniae и основных мутаций A2058G, A2059G и A2062C, детерминирующих устойчивость к макролидам. Аналитическая чувствительность для всех мишеней составила 1 × 103 копий/мл. Среди мутаций, выявленных образцах, содержащих M. pneumoniae, преобладала мутация A2058G – 29,1%, тогда как остальные мутации были идентифицированы в 7% случаев. Результаты полностью соответствовали данным секвенирования участка 23S рРНК по методу Сэнгера.
Разработанный ПЦР-тест позволяет выявлять возбудителя и маркеры резистентности M. pneumoniae к макролидам непосредственно в биологическом материале. Результаты первого этапа валидации теста указывают на его высокие диагностические характеристики и позволяют ожидать, что он будет успешно применяться в лабораторной диагностике. Набор реагентов для выполнения данного ПЦР-теста «АмплиТест®M. pneumoniae/MRMP» на момент подготовки публикации проходит регистрацию в качестве медицинского изделия для использования в диагностике in vitro в России.