Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2025; 27(1):94-100
Изучить микробный состав биоптатов при воспалительных заболеваниях кишечника.
С ноября 2019 по февраль 2023 г. обследовано 100 пациентов колопроктологического отделения с воспалительными заболеваниями кишечника (ВЗК): 65 пациентов – с язвенным колитом и 35 пациентов с болезнью Крона. Осуществлен метагеномный анализ биоптатов (ДНК-секвенатор Illumina, США), полученных в ходе эндоскопического исследования по стандартной методике, с биоиформатическим анализом данных. Разнообразие микробиомов в образцах (альфа-разнообразие) оценивали с помощью индекса Фишера. С помощью расстояния Брея-Кертиса оценивали сходство микробиомов между образцами (бета-разнообразие). Проведен анализ главных координат (PCoA) для визуализации сходства микробиомов между образцами. Статистически значимыми считали результаты при p < 0,05.
Метагеномный анализ позволил изучить качественный и количественный состав микробиоты кишечника у пациентов с язвенным колитом и болезнью Крона. Выявлено 20 филумов микроорганизмов, в том числе 146 семейств, 336 родов, 516 видов микроорганизмов. На уровне филумов было получено два основных – Proteobacteria, Firmicutes. При сравнии изучаемые нозологические формы между собой было отмечено увеличение разнообразия бактерий филума Proteobacteria в 1,2 раза при язвенном колите. Преобладающим видом данного филума является Escherichia сoli. В свою очередь, относительная представленность кишечной палочки выше в 1,6 раз у пациентов с болезнью Крона (23,9%/14,48%). Выявлены таксономические категории, отсутствующие при том или ином виде заболевания – отделы: Cyanobacteria (0,049%), Acidobacteria (0,010), Planctomycetes (0,009%), некультивируемые бактерии-кандидаты в подразделении SR1 (Sulfur-River 1) (0,007%), Synergistetes (0,007%), Chloroflexi (0,004%), Lentisphaerae (0,002%), бактерии-кандидаты типа OD1 (Parcubacteria) (0,001%), Spirochaetes (0,001%), род Helicobacter (5%) выявлены только у пациентов с язвенным колитом; отдел Gemmatimonadetes (0,009%) – только при болезни Крона.
Идентификация кишечных микроорганизмов, ассоциированных с патогенезом воспалительных заболеваний кишечника, является крайне важным аспектом для глубокого понимания различных патогенных факторов, имеющих большое значение для раннего выявления ВЗК.