Листериоз: генотипирование как ключ к выявлению возможного источника заражения | КМАХ

Листериоз: генотипирование как ключ к выявлению возможного источника заражения

Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019; 21(4):261-273

​ Воронина О.Л., Кунда М.С., Рыжова Н.Н., Кутузова А.В., Аксенова Е.И., Карпова Т.И., Тартаковский И.С., Ющук Н.Д., Климова Е.А., Кареткина Г.Н., Чемерис О.Ю., Груздева О.А., Мелкумян А.Р., Орлова О.Е., Бурмистрова Е.Н.
10.36488/cmac.2019.4.261-273
листериоз Listeria monocytogenes генотипирование пищевая инфекция
Раздел
Болезни и возбудители
Тип
Оригинальная статья
Публикация
Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019; 21(4):261-273

Цель.

Провести сравнительный анализ клинических и пищевых изолятов Listeria monocytogenes, выделенных на территории европейской части России в 2018–2019 гг.

Материалы и методы.

В работе использовали мультилокусное секвенирование (MLST), дополненное локусами вирулентности, включающими фрагменты генов интерналинов (MvLST), с последующим филогенетическим анализом.

Результаты.

Основными диагнозами при выделении клинических изолятов L. monocytogenes были перинатальный и неонатальный листериоз и менингит. Клинические изоляты относились преимущественно к филогенетической линии II c преобладанием ST7, который также был наиболее многочисленным у изолятов из продуктов питания. Вторым по частоте встречаемости у пищевых изолятов был ST121, широко распространенный в Европе. Клинические изоляты филогенетической линии I в трех случаях были представлены ST6, обнаруженным при вспышках листериоза в Европе в 2015–2018 гг. и в Южной Африке в 2017–2018 гг. Принадлежность к филогенетической линии I отмечена только у одного изолята из продуктов питания. В целом разнообразие генотипов пищевых изолятов было существенно выше, чем клинических изолятов. Анализ локусов вирулентности выявил новый аллель интерналина А и новый профиль генов интерналинов у изолята ST7 из продуктов питания.

Выводы.

L. monocytogenes наиболее распространенного ST7 является аутохтонной для России; случаи листериоза, вызванного изолятами ST6, скорее всего, относятся к завозным. На основании анализа разнообразия ST и профилей генов интерналинов L. monocytogenes, выявленных на территории России, предложена схема экспресс-диагностики при эпидемических расследованиях.

Воронина Ольга Львовна

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, Москва, Россия

Кунда М.С.

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, Москва, Россия

Рыжова Н.Н.

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, Москва, Россия

Кутузова А.В.

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, Москва, Россия

Аксенова Е.И.

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, Москва, Россия

Карпова Т.И.

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, Москва, Россия

Тартаковский Игорь Семенович

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, Москва, Россия

Ющук Н.Д.

ФГБОУ ВО «Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова» Минздрава России, Москва, Россия

Климова Е.А.

ФГБОУ ВО «Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова» Минздрава России, Москва, Россия

Кареткина Г.Н.

ФГБОУ ВО «Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова» Минздрава России, Москва, Россия

Чемерис О.Ю.

ФГБОУ ВО «Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова» Минздрава России, Москва, Россия

Груздева О.А.

ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» Минздрава России, Москва, Россия

Мелкумян А.Р.

Городская клиническая больница им. Ф.И. Иноземцева, Москва, Россия

Орлова О.Е.

Городская клиническая больница им. Л.А. Ворохобова, Москва, Россия

Бурмистрова Е.Н.

Городская клиническая больница им. С.С. Юдина, Москва, Россия

  • 1. WHO. Listeriosis. Available at: www.who.int/news-room/factsheets/detail/listeriosis.
  • 2. Schlech W.F. 3rd, Lavigne P.M., Bortolussi R.A., Allen A.C., Haldane E.V., Wort A.J., et al. Epidemic listeriosis – evidence for transmission by food. N Engl J Med. 1983;308(4):203-206. DOI: 10.1056/NEJM198301273080407
  • 3. WHO estimates of the global burden of foodborne diseases. Foodborne disease burden epidemiology reference group 20072015. Available at: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/199350/9789241565165_eng.pdf?sequence=1.
  • 4. Listeria monocytogenes risk assessment. Appendix 8: Growth of Listeria monocytogenes in foods. FDA. Available at: https://www.fda.gov/media/77930/download.
  • 5. Guidelines on the application of general principles of food hygiene to the control of Listeria monocytogenes in ready-to-eat foods. CAC/GL 61 – 2007. Available at: http://www.fao.org/input/download/standards/10740/CXG_061e.pdf.
  • 6. Moura A., Criscuolo A., Pouseele H., Maury M.M., Leclercq A., Tarr C., et al. Whole genome-based population biology and epidemiological surveillance of Listeria monocytogenes. Nat Microbiol. 2016,2:16185. DOI: 10.1038/nmicrobiol.2016.185
  • 7. Outbreak of Listeria Infections. Timeline of Reported Cases. Posted August 23, 2019. Available at: www.cdc.gov/listeria/outbreaks/monocytogenes-08-19/epi.html.
  • 8. Public Health Notice – Outbreak of Listeria infections linked to Rosemount brand cooked diced chicken. October 2, 2019. Available at: www.canada.ca/en/public-health/services/publichealth-notices/2019/outbreak-listeria-infections-cooked-dicedchicken.html.
  • 9. Joint ECDC-EFSA rapid outbreak assessment: Multi-country outbreak of Listeria monocytogenes serogroup IVb, multi-locus sequence type 6, infections linked to frozen corn and possibly to other frozen vegetables – first update. 3 July 2018. Available at: https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/rapidrisk-assessment-multi-country-outbreak-listeria-monocytogenesserogroup-ivb.
  • 10. Rapid risk assessment: Multi-country outbreak of Listeria monocytogenes PCR serogroup IVb, MLST ST6. 8 December 2017. Available at: www.ecdc.europa.eu/en/publicationsdata/rapid-risk-assessment-multi-country-outbreak-listeriamonocytogenes-pcr-serogroup.
  • 11. Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias Sanitarias. Informe de fin de seguimiento del brote de listeriosis 27 de septiembre de 2019. Available at: www.mscbs.gob.es/profesionales/saludPublica/ccayes/alertasActual/listeriosis/docs/Informe_cierre_Listeriosis_20190927.pdf.
  • 12. WHO. Disease outbreak news. Listeriosis – Spain. 16 September 2019. Available at: www.who.int/csr/don/16-september-2019listeriosis-spain/en/.
  • 13. WHO. Disease outbreak. Listeriosis – South Africa. 28 March 2018. Available at: www.afro.who.int/health-topics/listeriosis/outbreak/28-march-2018-south-africa/.
  • 14. Smith A.M., Tau N.P., Smouse S.L., Allam M., Ismail A., Ramalwa N.R., et al. Outbreak of Listeria monocytogenes in South Africa, 2017-2018: Laboratory Activities and Experiences Associated with Whole-Genome Sequencing Analysis of Isolates. Foodborne Pathog Dis. 2019;16(7):524-530. DOI: 10.1089/fpd.2018.2586
  • 15. Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing in the Primorsky Region. Dangerous disease listeriosis. Available at: http://25.rospotrebnadzor.ru/c/journal/view_article_content?groupId=10156&articleId=373855&version=1.0. Russian. (Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Приморскому краю. Опасное заболевание листериоз. Доступно по адресу: http://25.rospotrebnadzor.ru/c/journal/view_article_content?groupId=10156&articleId=373855&version=1.0.)
  • 16. Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing. On the state of the sanitary-epidemiological well-being of the population in the Russian Federation in 2017. State report. Available at: https://rospotrebnadzor. ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=10145. Russian. (Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2017 году. Государственный доклад. Доступно по адресу: https://rospotrebnadzor.ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=10145)
  • 17. Tartakovski I.S. Listeriae: the role in infectious diseases and laboratory diagnostics. Klinicheskaja mikrobiologija i antimikrobnaja himioterapija. 2000;2(2):20-30. Russian. (Тартаковский И.С. Листерии: роль в инфекционной патологии человека и лабораторная диагностика. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2000;2(2):20-30.)
  • 18. GOST 32031-2012 Food products. Methods for the detection of bacteria Listeria monocytogenes (as amended by ИУС N 6-2019). Available at: http://docs.cntd.ru/document/1200105310. Russian. (ГОСТ 32031-2012 Продукты пищевые. Методы выявления бактерий Listeria monocytogenes (с Поправкой ИУС N 6-2019). Доступно по адресу: http://docs.cntd.ru/document/1200105310)
  • 19. Zaytseva E., Ermolaeva S., Somov G.P. Low genetic diversity and epidemiological significance of Listeria monocytogenes isolated from wild animals in the Far East of Russia. Infect Genet Evol. 2007;7(6):736-742. DOI: 10.1016/j.meegid.2007.07.006
  • 20. Adgamov R., Zaytseva E., Thiberge J.M., Brisse S., Ermolaeva S. Genetically related Listeria monocytogenes strains isolated from lethal human cases and wild animals. In: Genetic Diversity in Microorganisms, Caliskan M. ed., 2012. Chapter 9. ISBN: 978953-51-0064-5.
  • 21. Voronina O.L., Kunda M.S., Ryzhova N.N., Aksenova E.I., Semenov A.N., Kurnaeva M.A., et al. Regularities of the Ubiquitous Polyhostal Microorganisms Selection by the Example of Three Taxa. Molekuljarnaja biologija. 2015;49(3):430441. Russian. (Воронина О.Л., Кунда М.С., Рыжова Н.Н. Аксенова Е.И., Семенов А.Н., Курнаева М.A. и соавт. Закономерности селекции полигостальных убиквитарных микроорганизмов на примере представителей трех таксонов. Молекулярная биология. 2015;49(3):430-441.) DOI: 10.7868/S0026898415030179
  • 22. Psareva E.K., Egorova I.Y., Liskova E.A., Razheva I.V., Gladkova N.A., Sokolova E.V., et al. Retrospective Study of Listeria monocytogenes isolated in the territory of inner Eurasia from 1947 to 1999. Pathogens. 2019;8(4). pii: E184. DOI: 10.3390/pathogens8040184
  • 23. Zaitseva E.A., Ermolaeva S.A., Somov G.P. Genes, encoding invasion factors in Listeria monocytogenes strains isolated in the European part and the far east of Russia. Zhurnal mikrobiologii, jepidemiologii i immunobiologii. 2006;(4):42-45. Russian. (Зайцева Е.А., Ермолаева С.А., Сомов Г.П. Гены, кодирующие факторы инвазии у штаммов Listeria monocytogenes, изолированных в европейской части и Дальневосточном регионе России. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2006;(4):42-45.)
  • 24. Voronina O.L., Ryzhova N.N., Kunda M.S., Kurnaeva M.A., Semenov A.N., Aksenova E.I., et al. Diversity and pathogenic potential of Listeria monocytogenes isolated from environmental sources in the Russian Federation. IJMER. 2015;5(3):5-15.
  • 25. Unified sanitary and epidemiological and hygienic requirements for products (goods) subject to sanitary and epidemiological surveillance (control) (as amended on May 21, 2019). Available at http://docs.cntd.ru/document/902249109. Russian. (Единые санитарно-эпидемиологические и гигиенические требования к продукции (товарам), подлежащей санитарно-эпидемиологическому надзору (контролю) (с изменениями на 21 мая 2019 г.). Доступно по адресу: http://docs.cntd.ru/document/902249109)
  • 26. Salcedo C., Arreaza L., Alcala B., de la Fuente L., Vázquez J.A. Development of a multilocus sequence typing method for analysis of Listeria monocytogenes clones. J Clin Microbiol. 2003;41(2):757-762. DOI: 10.1128/jcm.41.2.757-762.2003
  • 27. Ragon M., Wirth T., Hollandt F., Lavenir R., Lecuit M., Le Monnier A., et al. A new perspective on Listeria monocytogenes evolution. PLoS Pathog. 2008;4(9):e1000146. DOI: 10.1371/journal.ppat.1000146
  • 28. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol. 2013;30(12):2725-2729. DOI: 10.1093/molbev/mst197
  • 29. Madeira F., Park Y.M., Lee J., Buso N., Gur T., Madhusoodanan N., et al. The EMBL-EBI search and sequence analysis tools APIs in 2019. Nucleic Acids Res. 2019;47(W1):W636-W641. DOI: 10.1093/nar/gkz268
  • 30. Tamura K., Nei M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Mol Biol Evol. 1993;10(3):512-526. DOI: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040023
  • 31. Nei M., Kumar S. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York: Oxford University Press; 2000. 348 p. ISBN: 9780195135855.
  • 32. Posada D, Crandall KA. MODELTEST: testing the model of DNA substitution. Bioinformatics. 1998;14(9):817-818. DOI: 10.1093/bioinformatics/14.9.817
  • 33. Kremer P.H., Lees J.A., Koopmans M.M., Ferwerda B., Arends A.W., Feller M.M., et al. Benzalkonium tolerance genes and outcome in Listeria monocytogenes meningitis. Clin Microbiol Infect. 2017;23(4):265.e1-265.e7. DOI: 10.1016/j.cmi.2016.12.008
  • 34. Chalenko Y., Kalinin E., Marchenkov V., Sysolyatina E., Surin A., Sobyanin K., et al. Phylogenetically Defined Isoforms of Listeria monocytogenes Invasion Factor InlB Differently Activate Intracellular Signaling Pathways and Interact with the Receptor gC1q-R. Int J Mol Sci. 2019;20(17). pii: E4138. DOI: 10.3390/ijms20174138
  • 35. Bonazzi M., Lecuit M., Cossart P. Listeria monocytogenes internalin and E-cadherin: from bench to bedside. Cold Spring Harb Perspect Biol. 2009;1(4):a003087. DOI: 10.1101/cshperspect.a003087
  • 36. Rychli K., Wagner E.M., Ciolacu L., Zaiser A., Tasara T., Wagner M., et al. Comparative genomics of human and non-human Listeria monocytogenes sequence type 121 strains. PLoS One. 2017;12(5):e0176857. DOI: 10.1371/journal.pone.0176857
Просмотров
0 Аннотация
0 PDF
0 Цитирования
Поделились