Идентификация и серотипирование российских штаммов Streptococcus pneumoniae с применением методик, основанных на ПЦР | КМАХ

Идентификация и серотипирование российских штаммов Streptococcus pneumoniae с применением методик, основанных на ПЦР

Клиническая Микробиология и Антимикробная Химиотерапия. 2011; 13(4):304-313

Тип
Журнальная статья

Аннотация

Основанные на ПЦР методики идентификации и серотипирования Streptococcus pneumoniae оптимизированы для использования в российской эпидемической ситуации. Протестировано 113 штаммов, изолированных в 15 городах РФ от детей в возрасте до 5 лет, преимущественно больных пневмонией (89 детей). Все штаммы S. pneumoniae дали истинно-положительный сигнал при ПЦР в режиме реального времени с генами lytA и psaA в качестве мишеней. Пять штаммов дали отрицательный результат в ПЦР с праймерами к локусу cpsA и, вероятно, были не способны к синтезу капсулы. Был определён серотип/серогруппа у 94 из оставшихся 108 штаммов; найдено 18 серовариантов пневмококков (2, 3, 4, 6A, 6B, 7FA, 8, 9NL, 9VA, 11AD, 14, 15AF, 15BC, 18ABCF, 19F, 22FA, 23B, 23F). Примечательно, что все 12 штаммов 19-й серогруппы принадлежали «вакцинному» серотипу 19F; из 12 штаммов 23-й серогруппы 11 штаммов имели «вакцинный» серотип 23F. С помощью метода пиросеквенирования были классифицированы штаммы 6-й серогруппы: 7 из них были отнесены к серотипу 6В и 11 — к серотипу 6А. Методика основана на использовании 24 пар праймеров, распределённых на четыре ПЦР-теста; с её помощью можно выявлять все серотипы, включенные в 10-валентную или 13-валентную пневмококковую вакцины и практически все часто встречающиеся на территории РФ «невакцинные» серотипы. Мы предполагаем, что данный подход позволит определять серотип у более 85% штаммов S. pneumoniae, вызывающих клинические заболевания и, таким образом, оценить потенциальную протективную эффективность конъюгированных пневмококковых вакцин.

Просмотров
0 Аннотация
0 PDF
0 Цитирования
Поделились