Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2023; 25(2):116-122
Провести геномную характеристику представителей mecA-положительных оксациллиночувствительных Staphylococcus aureus ST59, выделенных в Санкт-Петербурге.
В работу включены девять mecA-положительных оксациллиночувствительных изолятов S. aureus (OS-MRSA), относящихся к сиквенс-типу ST59. Изоляты были выделены в Санкт-Петербурге в 2018–2019 гг. у детей без признаков стафилококковых инфекций при скрининге на носительство S. aureus. Один изолят был выделен у взрослого пациента с инфекцией кожи и мягких тканей (ИКМТ). Проведена оценка чувствительности к антибиотикам и полногеномное секвенирование. Для сравнительной геномной эпидемиологии в работу включены 242 генома S. aureus ST59 из публичных репозиториев.
Изоляты характеризовались фенотипической чувствительностью к оксациллину, определенной методом серийных разведений и с помощью системы VITEK. Диапазон значений диаметров зон ингибирования вокруг дисков с цефокситином составлял 17–22 мм. Изоляты имели МПК ≤ 0,5 мкг/мл к пенициллину/клавуланату. S. aureus, выделенные от носителей, имели генотип ST59t1950-SCCmec Vb (seb+); изолят, выделенный при ИКМТ, имел генотип ST59-t437-SCCmec Vb (seb/ lukF/lukS+). Все изоляты имели мутации в промоторе mecA в положении -33 (C/T) и мутации в PBP2a (S225R + E246G). На основе филогенетического анализа и Байесовской кластеризации вся выборка геномов ST59 была разделена на четыре кластера; все российские геномы относились к Восточно-Азиатской сублинии ST59, для которой характерно наличие токсина PVL. Попарные сравнения нуклеотидных замен между геномами российских изолятов показали высокую степень идентичности: медиана 13, межквартильный интервал 8 – 18 замен. Наличие энтеротоксина B, а также мутаций в промоторных областях гена mecA (-7 G/A или -33 C/T) и мутаций в PBP2a (S225R и E246G) являлись отличительной особенностью всех кластеров ST59, при этом для российских изолятов была характерна промоторная мутация только в положении -33. Геномы российских изолятов отличались от глобально циркулирующих ST59 уникальными мутациями в следующих локусах (относительно референс-генома S. aureus M013TW): регуляторе катаболизма лактозы RS03495 (N168D); рибосомальном белке L28 (V47A); предположительной глиоксалазе RS07825 (V42A); гипотетическом белке RS13235 (K32E).
Российские изоляты MRSA-ST59 относятся к Восточно-Азиатской сублинии и характеризуются наличием гена энтеротоксина В. Отличительной фенотипической особенностью MRSA-ST59 является чувствительность к оксациллину и пограничная устойчивость к цефокситину. Для OS-MRSA фенотипов существует риск неправильной оценки чувствительности и, как следствие, назначение неадекватной антибактериальной терапии. Выявление гена mecA является наиболее точным методом для дифференциации MSSA и MRSA.