Аннотация
Внутрибольничные инфекции (ВБИ) являются одной из актуальных проблем, приобретающих с каждым годом все большую медицинскую и социальную значимость. В борьбе с ВБИ одним из существенных звеньев может стать постоянно действующая система мониторинга эпидемиологической обстановки. Важная роль в этой системе должна принадлежать микробиологической лаборатории, осуществляющей идентификацию и типирование возбудителей ВБИ с помощью молекулярно-генетических методов. В статье представлена значимость использования молекулярно-генетических методов на различных этапах исследования ВБИ. Дана характеристика молекулярно-генетических методов исследования. Проанализированы молекулярные маркеры, на основе которых осуществляется генетическое типирование. Представлены критерии выбора молекулярно-генетических методов для эпидемиологических исследований ВБИ, правила интерпретации результатов типирования, разработанные для возбудителей ВБИ, оптимальные методы их типирования. Приведены доказательства, что молекулярно-генетические методы типирования возбудителей ВБИ представляют собой мощный инструмент госпитальных микробиологов, эпидемиологов и клинических врачей в борьбе с ВБИ. Подчеркивается необходимость создания референс-лабораторий генетического типирования возбудителей ВБИ для более эффективной борьбы с госпитальными инфекциями.
-
1.
Козлов Р.С. Нозокомиальные инфекции: эпидемиология, патогенез, профилактика, контроль. Клиническая Микробиология и Антимикробная Химиотерапия 2000; 1;2:16-30.
-
2.
Покровский В.И. Проблемы внутрибольничных инфекций. Эпидемиол и инфекц бол 1996; 2:4-9.
-
3.
Генчиков Л.А. Эпидемиология внутрибольничных инфекций. В кн.: Проблемы инфектологии. М.: Медицина; 1991. р. 323-9.
-
4.
Arbeit R.D. Laboratory procedures for the epidemiologic analysis of microoranisms. Manual Clin microbiol. ASM Press; 1996. p. 190-208.
-
5.
Archer G.L., Karchmer A.W., Vishniavsry N., et al. Plasmid-pattern analysis for the differentiation of infec-ting from non-infecting Staphylococcus epidermidis. J Infect Dis 1984; 149:913-20.
-
6.
Wachmuth K. Genotypic approaches to the diagnosis bacterial infections: plasmid analysis and gene probes. Infect Control 1985; 6:100-9.
-
7.
Schwartz D.C., Cantor C.R. Separation of yeast chromosome-sized DNAs by pulsed field gradient gel electrophoresis. Cell 1984; 37:67-75.
-
8.
Tenover F.C., Arbeit R.D., Goering R.V., et al. Interpreting chromosomal DNA restriction patterns produced by pulsed-field gel electrophoresis: criteria for bacterial strain typing. J Clin Microbiol 1995; 33:2233-9.
-
9.
Food and Drug Administration, U.S. Department of Agriculture, U.S. Enviromental protection agency, and Centers for Diseasecontrol and prevention. Food safety from farm to table: a national food safety initiative Report to the president. Washington: Food and Drug Administration; 1997. p.3.
-
10.
Шагинян И.А., Першина М.Ю. Генетические маркеры в эпидемиологии бактериальных инфекций. Журн микробиол 1997; 4:54-9.
-
11.
Southern E.M. Detection of specific sequences among DNA fragments separeted by gel electrophoresis. J Mol Biol 1975; 98:503-17.
-
12.
Olsen G.J., Woese C.R. Ribosomal RNA: a key to philogeny. FASEB 1993; 7:113-23.
-
13.
Stull TL., LiPuma J.J., Edling T.D. A broad-spectrum probe for molecular epidemiology of bacteria: ribosomal RNA. J Infect Dis 1988; 157:280-6.
-
14.
Шагинян И.А. Идентификация и типирование патогенных бактерий: современные подходы. Вестн РАМН 2000; 1:22-8.
-
15.
Troesch A., Nguyen H., Miyada C.G., et al. Mycobacterium species identification and rifampin resistance testing with high-density DNA probe arrays. J Clin Microbiol 1999; 37:242-5.
-
16.
Van Belcum A. Clin Microbiol Rev 1994; 7:174-84.
-
17.
Шагинян И.А., Гинцбург А.Л. ПЦР-генетическое типирование возбудителей бактериальных инфекций. Генетика 1995; 31:600-10.
-
18.
Fujimoto S., Marshall B., Blaser M.J. PCR-based restriction fragment length polymorphism typing of Helicobacter pylori. J Clin Microbiol 1994; 33:331-4.
-
19.
Rubin L.G. Bacterial colonization and infection resulting from of a single organism. Rev Infect Dis 1987; 9:488-93.
-
20.
Shortridge V.D., Stone G.G., Flamm R.K., et al. Molecular typing of Helicobacter pylori isolates from a multicenter U.S. clinical trial by ureC restriction fragment length polymorphism. J Clin Microbiol 1997; 35:471-3.
-
21.
Brow M., Oldenburg M.C., Lyamichev V. et al. Differentiation of bacterial 16S rRNA genes and untergenic regions and Mycobacterium tuberculosis katG genes by structure-specific endonuclease cleavage. J Clin Microbiol 1996; 34:3129-37.
-
22.
Davidson F., Simmonds P., Ferguson J.C., et al. Survey of major genotypes and subgenotypes of hepatitis C virus using RFLP of sequences amplified from the 5 non-coding region. J Gen Virol 1995; 76:1197-204.
-
23.
Versalovic J., Kapur V., Koeuth T., et al. DNA fingerprinting of pathogenic bacteria by fluorophore-enhanced Repetitive sequence-based polymerase chain reaction. Arch Pathol Lab Med 1995; 119:23-9.
-
24.
Woods C.R., Versalovic J., Koeuth T., et al. Analysis of relationships among isolates of Citrobacter diversus by using DNA fingerprints generated by Repetitive sequence-based primers in the polymerase chain reaction. J Clin Microbiol 1992; 30:2921-9.
-
25.
Hulton C.S., Higgins C.F., Sharp P.M. ERIC sequences: a novel family of Repetitive elements in the genomes of Escherichia coli, Salmonella typhimurium and other enterobacteria. Mol Microbiol 1991; 5:825-34.
-
26.
Koeuth T., Versalovic J., Lupski J.R. Differential subsequence conservation of interspersed Repetitive Streptococcus pneumoniae BOX elements in diverse bacteria. Genome Res 1995; 5:408-18.
-
27.
DelVecchio V.G., Petroziello J.M., Gress M.J., et al. Molecular genotyping of methicillin-resistant Stahylococcus aureus via fluorophore-enhanced Repetitive-sequence PCR. J Clin Microbiol 1995; 33:2141-4.
-
28.
Arbeit R.D. , Maslow J.N., Mulligan M.E. Polymerase chain reaction-mediated genotyping in microbial epidemiology. Clin Infect Dis 1994; 18:1018-9.
-
29.
Caetano-Anolles G., Bassam B.J., Gresshoff P.M. DNA amplification fingerprinting using very short arbitrary oligonucleotide primers. Bio/Technol 1991; 9:553-7.
-
30.
Olive D.M., P.Bean. Principles and application of me-thods for DNA-based typing of microbial organisms. J Clin Microbiol 1999; 37:1661-9.
-
31.
Maddox L.O., Li P., Bennett A., et al. Comparison of SSCP analysis for mutation detection in the human iduroronate 2-sulfatase gene. Biochem Mol Biol Int 1997; 43:1163-71.
-
32.
Marshall D.J., Heisler L.M., Lyamishev V., et al. Determination of hepatitis C virus genotype in the United States by cleavase fragment length polymorphism analysis. J Clin Microbiol 1997; 35:3156-62.
-
33.
Sreevatsan S., Bookout J.B., Ringris F.M., et al. Algorithmic approach to high-throughput molecular screening for alpha interferon-resistant genotypes in hepatitis C patients. J Clin Microbiol 1998; 36:1895-901.
-
34.
Tenover F.C., Arbeit R.D., Goering R.V. How to select and interpret molecular strain typing methods for epidemiological studies of bacterial infections: a review for healthcare epidemiologists. Infect Control Hosp Epidemiol 1997; 18:426-39.
-
35.
ZArbeit R.D., Arthur M., Dunn R.D., et al. Resolution of recent evolutionary divergence among Escherichia coli from related lineages: the application of pulsed field electrophoresis to molecular epidemiology. J Infect Dis 1990; 161:230-5.
-
36.
Huebner J., Pier G.B., Maskow J.N., et al. Endemic nosocomial transmission of Staphylococcus epidermidis bacteremia strains in a neonatal ICU over a 10-year period. J Infect Dis 1994; 169:526-31.
-
37.
Maslow J.N., Brecher S., Adams K.S.. et al. Relationship between indole production and the differentiation of Klebsiella species: indole-positive and negative isolates of Klebsiella determined to be clonal. J Clin Microbiol 1993; 31:2000-3.
-
38.
Barbier N., Saulnier P., Chachaty E., et al. Random amplified polymorphic DNA typing versus pulsed gel electrophoresis for epidemiological typing of vancomycinresistant enterococci. J Clin Microbiol 1996; 34:106-9.
-
39.
Maslow J.N., Brecher S., Durbin A., et al. Diversity among strains of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) from patients with long-term colonization. Proceedings of Annual Meeting of American Infectious Disease Society, 1993; abstract 143.
-
40.
Speaker M.G., Milch F.A., Shah M.K., et al. Role of external bacteriae flora in the pathogenesis of acute postoperative endophthalmitis. Ophthalmology 1991; 98:639-50.
-
41.
Slutsky A.M., Arbeit R.D., Barber T.W., et al. Mycobacterium avium complex in patients with AIDS detected by pulsed field gel electrophoresis of sequental clinical isolates. J Clin Microbiol 1994; 32:1773-8.
-
42.
Boukadida J., de Montalembert M., Lenoir G., et al. Molecular epidemiology of chronic pulmonary colonization by Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis. J Med Microbiol 1993; 38:29-33.
-
43.
Grundmann, Schneider H.C., Hartung D., et al. Discriminatory power of three DNA-based typing techniques for Pseudomonas aeruginosa. J Clin Microbiol 1995; 33:528-34.
-
44.
Kuhn I., Burman L., Haeggman S., et al. Biochemical fingerprinting compared with ribotyping and pulsed-field gel electrophoresis of DNA for epidemiological typing of enterococci. J Clin Microbiol 1995; 32:2812-7.
-
45.
Maslow J.N., Mulligan M.E., Adams K.S., et al. Bacterial adhesins and host factors in the development and outcome of Escherichia coli bacteremia. Clin Infect Dis 1993; 17:89-97.
-
46.
Stanley J., Baquar N., Threlfale E.J. Genotypes and philogenetic relationships of Salmonella typhimurium are defined by molecular fingerprinting of IS200 and 16S rrn loci. J Clin Microbiol 1993; 139:1133-40.
-
47.
Гинцбург А.Л., Шагинян И.А. Роль молекулярногенетических технологий в повышении качества диагностики инфекционных заболеваний. В кн.: Материалы Всерос. конф. "Внутриутробные инфекции плода и новорожденного". Саратов; 2000. р. 47-9.
-
48.
Patterson J.E., Wanger A., Zscheck K.K., et al. Molecular epidemiology of b-lactamase-producing enterococci. Antimicrob Agents Chemother 1990; 34:302-5.