Аннотация
С использованием результатов предыдущих экспериментов по исследованию N-гликанов гликопротеина Е1 вируса гепатита С в процессе сборки структурных белков вируса в модельной системе — клетках насекомых Sf9 с участием бакуловирусной системы экспрессии, в данной работе представлено моделирование структуры молекулы белка Е1 с разным количеством и расположением гликанов. Компьютерные модели пространственной структуры мутантных белков Е1 построены с использованием метода молекулярной динамики и вычислительных мощностей компьютера. Результаты показывают, что N-связанные гликаны оказывают непосредственное влияние на сворачивание белков Е1, демонстрируя значительные различия в конфигурациях форм таких молекул.
-
1.
Орлова О.В., Друца В.Л., Спирин П.В. и соавт. Роль N-гликанов гликопротеина Е1 вируса гепатита С в процессе сборки структурных белков вируса и формировании вирусных частиц. Молекул биол 2013; 47(1):147-56.
-
2.
Dubuisson J., Rice C.M. Hepatitis C virus glycoprotein folding: disulfide bond formation and association with calnexin. J Virol 1996; 70:778-86.
-
3.
Jones D.M., McLauchlan J. Hepatitis C Virus: Assembly and Release of Virus Particles. J Biol Chem 2010; 285:22733-9.
-
4.
Chapel C., Garcia C., Roingeard Ph., et al. Antiviral effect of α-glucosidase inhibitors on viral morphogenesis and binding properties of hepatitis C virus-like particles. J Gen Virol 2006; 87:861-71.
-
5.
Helle F., Goffard A., Morel V., et al. The Neutralizing Activity of Anti-Hepatitis C Virus Antibodies Is Modulated by Specific Glycans on the E2 Envelope Protein. J Virol 2007; 81:8101-11.
-
6.
Xiang J., Wunschmann S., George S.L., et. al. Recombinant hepatitis C virus-like particles expressed by baculovirus: utility in cell-binding and antibody detection assays. J Med Virol 2002; 68:537-43.
-
7.
Trombetta E.S. The contribution of N-glycans and their processing in the endoplasmic reticulum to glycoprotein biosynthesis. Glycobiology 2003;13 (9):77R-91R.
-
8.
Tramontano A. The role of molecular modelling in biomedical research. FEBS Lett 2006; 580:928-34.
-
9.
Granovsky А.А. Presentation on the large-scale QC and QM/MM modeling using PC GAMESS 2006. Available at URL: http://classic.chem.msu.su/gran/ gamess/largescale.pdf
-
10.
Granovsky А.А. FIREFLY Quantum Chemistry Package, version 7.1.G. Available at URL: http://classic.chem.msu. su/gran/firefly/index.html
-
11.
Granovsky А.А. Presentation on efficient strategy for summation of PT series in MCQDPT2 and XMCQDPT2 implementation 2010. Available at URL: http://phys148-1.chem.msu.ru/gran/gamess/qdpt2.pdf
-
12.
Schueler-Furman O., Wang C., Bradley P., Misura K., Baker D. Progress in modeling of protein structures and interactions. Science 2005; 310:638-42.
-
13.
Ginalski K. Comparative modeling for protein structure prediction. Curr Opin Struct Biol 2006; 16:172-7.
-
14.
Qian B., Ortiz A.R., Baker D. Improvement of comparative model accuracy by free-energy optimization along principal components of natural structural variation. Proc Natl Acad Sci 2004; 101:15346-51.
-
15.
Xu Y., Purkayastha P., Gai F. Nanosecond folding dynamics of a three-stranded beta-sheet. J Am Chem Soc 2006; 128:15836-42.
-
16.
Chugunov A. O., Chavatte P., Farce A., Efremov R.G. Differences in binding sites of two melatonin receptors help to explain their selectivity to some melatonin analogs: a molecular modeling study. J Biomol Struct Dynamics 2006; 24:91-108.
-
17.
Dill K. A., Ozkan S. B., Weikl T. R., Chodera J. D., Voelz V.A. The protein folding problem: when will it be solved? Curr Opin Struct Biol 2007; 17:342-6.
-
18.
Шайтан К.В., Терёшкина К.Б. Молекулярная динамика белков и пептидов (методическое пособие) М.: Ойкос. 2004, 103c.
-
19.
Львов Д.К., Самохвалов Е.И., Селиванов Н.А., Мохонов В.В., Новиков Д.В., Прилипав А.Г., Шаталов А.Г. Анализ генома изолята 274933RU вируса гепатита С, выделенного на территории Российской Федерации. Вопросы вирусологии 2002; 47(1):9-12.