Анализ таксономической структуры рода Stenotrophomonas на основе геномных данных

Thu, 28 May 2026 10:19:27 +0000

Цель.

Анализ современной таксономической структуры рода Stenotrophomonas на основе геномных данных с учетом ограничений, связанных с процессом номенклатурной валидации.

Материалы и методы.

Для формирования референсной базы использовались данные c ресурса LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) и геномы, загруженные из базы данных NCBI. Проводился расчет попарных значений средней нуклеотидной идентичности (ANI) и средней аминокислотной идентичности (AAI). Определение видовой принадлежности осуществлялось с использованием порогового значения ANI ≥ 95%. Иерархическая кластеризация выполнялась методом средней связи по матрицам расстояний.

Результаты.

На основе таксономической информации, представленной в LPSN, была сформирована исходная референсная база, включающая 36 геномов, соответствующих видам таксонам рода Stenotrophomonas. Попарные значения ANI подтвердили четкое разграничение этих геномов на уровне видов. Анализ на основе рассчитанных попарных значений AAI выявил наличие нескольких геномно обособленных кластеров, соответствующих обновленной таксономической схеме, предполагающей разделение рода Stenotrophomonas на несколько родов. Анализ 2332 геномов, отнесенных к роду Stenotrophomonas в базе данных NCBI, показал, что для 15,7% геномов значения ANI по отношению к референсным геномам видов, представленным в LPSN, были ниже порогового значения 95%, что не позволило отнести их к каким-либо видам. Кластеризация при ANI ≥ 95% выявила 102 геномных кластера, часть из которых не содержала геномов видов, представленных в LPSN. Для классификации таких геномов была сформирована расширенная референсная база, включающая репрезентативные геномы соответствующих ANI-кластеров. Использование данной базы позволило отнести все анализируемые геномы либо к таксонам, представленным в LPSN, либо к отдельным геномным кластерам, не имеющим на данный момент валидного номенклатурного статуса.

Выводы.

Полученные результаты демонстрируют, что даже при наличии геномных данных и четких количественных критериев разграничения таксонов таксономическая интерпретация геномных коллекций остается ограниченной вследствие задержки между геномной идентификацией потенциально новых таксонов и их официальным описанием с закреплением типового штамма. Предложенный аналитический подход позволяет корректно определять принадлежность таких геномов к соответcтвующим генотаксономическим группам и обеспечивает воспроизводимый анализ таксономической структуры рода Stenotrophomonas в условиях продолжающегося уточнения таксономической структуры.

геномная таксономия on КМАХ

Анализ таксономической структуры рода Stenotrophomonas на основе геномных данных

Цель.

Материалы и методы.

Результаты.

Выводы.