http://cmac-journal.ru/tags/%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B8-%D0%B0%D0%BD%D0%B0%D0%BB%D0%B8%D0%B7/ Recent content in биоинформатический анализ on КМАХ Source Themes Academic (https://sourcethemes.com/academic/) ru-ru Thu, 20 Aug 2026 15:05:38 +0000 http://cmac-journal.ru/publication/2026/2/cmac-2026-t28-n2-p148/ Thu, 20 Aug 2026 15:05:38 +0000 http://cmac-journal.ru/publication/2026/2/cmac-2026-t28-n2-p148/ <h3 id="цель">Цель.</h3> <p>Разработка схемы молекулярного типирования <em>Chlamydia trachomatis</em> для проведения молекулярно-эпидемиологического мониторинга данного патогена на территории Российской Федерации.</p> <h3 id="материалы-и-методы">Материалы и методы.</h3> <p>В данном исследовании был проанализирован набор консервативных и вспомогательных генов у 430 изолятов <em>C. trachomatis</em> различной географической и филогенетической принадлежности с целью выявления локусов, участвующих во внутривидовой кластеризации патогена. Данные полногеномного секвенирования изолятов в формате FASTA и FASTQ были получены из базы данных PubMLST. Для получения генетических профилей исследуемых изолятов <em>C. trachomatis</em> на основе отобранных локусов использовали алгоритм биоинформатической обработки данных, включающий этапы выравнивания последовательностей на референсные геномы, анализ единичных нуклеотидных замен в локусах, аннотацию и выявление ортологов и извлечение отобранных локусов в индивидуальный генетический профиль изолята. Визуализацию филогенетического анализа исследуемых изолятов <em>C. trachomatis</em> проводили с использованием аналитических пакетов на основе R и Python.</p> <h3 id="результаты">Результаты.</h3> <p>Был сформирован перечень из 188 генов, участвующих во внутривидовой кластеризации <em>C. trachomatis</em>, на основе которого была разработана новая схема молекулярного типирования данного патогена для молекулярно-эпидемиологического мониторинга. Проведенный биоинформатический анализ генетических профилей 430 изолятов с различной географической и филогенетической принадлежностью показал, что эффективность дифференциации изолятов <em>C. trachomatis</em> с использованием разработанной схемы типирования сопоставима с cgMLST, использующей намного большее количество локусов при анализе.</p> <h3 id="выводы">Выводы.</h3> <p>Разработанная схема молекулярного типирования позволяет эффективно проводить молекулярно-эпидемиологический анализ возбудителя хламидийной инфекции. Разработка набора реагентов для подготовки ДНК-библиотек с последующим NGS секвенированием позволит эффективно внедрить в практику мониторинга данную схему типирования и создать базу данных профилей отечественных изолятов <em>C. trachomatis</em>.</p>