Результаты идентификации бактерий из положительных гемокультур пациентов многопрофильного стационара с помощью MALDI-TOF масс-спектрометрии

Клиническая Микробиология и Антимикробная Химиотерапия. 2018; 20(4):381-386

​ Аминева П.Г., Руднов В.А., Кармацких О.Г., Невская Н.Н., Бельский Д.В., Иванова Н.А.
10.36488/cmac.2018.4.381-386
бактериемия гемокультура ускоренная идентификация масс-спектрометрия
Раздел
Опыт работы
Тип
Журнальная статья
Публикация
Клиническая Микробиология и Антимикробная Химиотерапия. 2018; 20(4):381-386

Цель.

Оценить результаты ускоренной идентификации микроорганизмов, выделенных из положительных гемокультур, полученных от пациентов различных отделений крупного многопрофильного стационара, с помощью времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TOF MS) и сопоставить их с классическими культуральными методами.

Материалы и методы.

В период с 2017 по 2018 гг. в исследование вошло 109 положительных гемокультур от 73 пациентов МАУ ГКБ № 40 в возрасте от 1 года до 83 лет. Образцы крови были взяты в асептических условиях из двух периферических вен по стандартному протоколу в 12 отделениях ЛПУ. Идентификацию микроорганизмов производили 2 методами: фенотипическим (с использованием автоматического бактериологического анализатора Vitek 2 (BioMerieux, Франция), биохимических тестов, окраски по Граму, теста на каталазу, оксидазу, латекс-агглютинации) в лаборатории микробиологии и методом MALDI-TOF MS на анализаторе Vitek MS (BioMerieux, Франция) в лаборатории «QualityMed». Транспортировка крови из ЛПУ в лабораторию осуществлялась с помощью курьера, время доставки варьировало от 7 ч до 2 суток. Из исследования были исключены полимикробные гемокультуры (4 флакона), случаи фунгемии (4 флакона), а также 1 флакон из-за поздних сроков доставки.

Результаты.

Всего из 100 флаконов, включенных в исследование, было выделено 70 штаммов грамположительных и 29 штаммов грамотрицательных бактерий. Ещё 1 штамм Streptococcus pneumoniae не был получен в культуре из-за явления аутолиза. В целом, процент успешной ускоренной идентификации по всем группам бактерий составил 86,0%, при этом для грамотрицательных палочек он достигал 100%, для грамположительных кокков — 83,5%.

Выводы.

Применение методов ускоренной идентификации положительных гемокультур с помощью MALDI-TOF MS позволяет быстрее и надёжнее определять возбудителей грамотрицательных бактериемий. Эффективность ускоренной детекции грамположительных кокков снижается до 83,5%.

Аминева П.Г.

ООО «КволитиМед», Екатеринбург, Россия

Руднов Владимир Александрович

ФГБОУ ВО «Уральский государственный медицинский университет» Минздрава России, Екатеринбург, Россия
МАУ «Городская клиническая больница №40», Екатеринбург, Россия

Кармацких О.Г.

ООО «КволитиМед», Екатеринбург, Россия

Невская Н.Н.

МАУ «Городская клиническая больница №40», Екатеринбург, Россия

Бельский Д.В.

МАУ «Городская клиническая больница №40», Екатеринбург, Россия

Иванова Н.А.

МАУ «Городская клиническая больница №40», Екатеринбург, Россия

  • 1. Kumar A., Roberts D., Wood K., et al. Duration of hypotension before initiation of effective antimicrobial therapy is the clinical determinant of survival in human septic shock. Crit Care Med. 2006;34(6):15891596.
  • 2. Ferrer R., Martin-Loeches I., Phillips G., et al. Empiric antibiotic treatment reduces mortality in severe sepsis and septic shock from the first hour: results from a guideline – based performance improvement program. Crit Care Med. 2014;42(8):1749-1755.
  • 3. Barie P., Hydo I., Shou J., et al. Influence of antibiotic therapy on mortality of critical illness caused or complicated by infection. Surg Infect. 2005;6(1):41-5
  • 4. Barochia A., Gui X., Vitberg D., et al. Bundled care for septic shock: an analysis of clinical trials. Crit Care Med. 2010;38(2):668-778.
  • 5. Galeski D., Mikkelsen M., Bard R., et al. Impact of time to antibiotics on survival in patients with severe sepsis or septic shock in whom early goal – directed therapy was initiated in emergency department. Crit Care Med. 2010;38(4):1045-1053.
  • 6. Seng P., Drancourt M., Gouriet F., et al. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Clin Infect Dis. 2009;49:543-551.
  • 7. Stevenson L.G., Drake S.K., Murray P.R. Rapid Identification of Bacteria in Positive Blood Culture Broths by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry. J Clin Microbiol. 2010;48(2):444-447.
  • 8. Fothergill A., Kasinathan V., Hyman J., et al. Rapid Identification of Bacteria and Yeasts from Positive-Blood-Culture Bottles by Using a Lysis-Filtration Method and Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrum Analysis with the SARAMIS Database. J Clin Microbiol. 2013;51(3):805-80
  • 9. Machen A., Drake T., Wang Y.F. Same Day Identification and Full Panel Antimicrobial Susceptibility Testing of Bacteria from Positive Blood Culture Bottles Made Possible by a Combined Lysis-Filtration Method with MALDI-TOF VITEK Mass Spectrometry and the VITEK2 System. PLoS One. 2014;9(2):e87870.
  • 10. La Scola B., Raoult D. Direct Identification of Bacteria in Positive Blood Culture Bottles by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionisation Time-ofFlight Mass Spectrometry. PLoS One. 2009;4(11):e8041.
  • 11. Priputnevitch T.V., Melkumyan A.R., Burmenskaya O.V., et al. Use of MALDI-TOF Mass-Spectrometry and Quantitative PCR for Rapid Diagnosis of Sepsis. Klinicheskaja mikrobiologija i antimikrobnaja himioterapija. 2014;16(1):4-9. Russian. (Припутневич Т.В., Мелкумян А.Р., Бурменская О.В. и соавт. Использование методов MALDI-TOF масс-спектрометрии и количественной ПЦР для быстрой диагностики септических состояний. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2014;16(1):4-9.).
  • 12. Neuville F., Descy J., Huynen P., et al. Direct identification of bacteria from BacT/ALERT anaerobic positive blood cultures by MALDI-TOF MS: MALDI Sepsityper kit versus an in-house saponin method for bacterial extraction. J Med Microbiol. 2012;61:1511-1516.
  • 13. Yonetani S., Ohnishi H., Ohkusu K., Matsumoto T., Watanabe T. Direct identification of microorganisms from positive blood cultures by MALDI-TOF MS using an in-house saponin method. Int J Infect Dis. 2016;52:37-42.
  • 14. Popov D.A., Nadtochey E.A., Vostrikova T.Yu., Ovseenko S.T. Accelerated Techniques of Pathogen Identification from Positive Blood Cultures by MALDI-TOF Mass Spectrometry. Klinicheskaja mikrobiologija i antimikrobnaja himioterapija. 2016;18(4):296-307. Russian. (Попов Д.А., Надточей Е.А., Вострикова Т.Ю., Овсеенко С.Т. Ускоренные методы идентификации положительных гемокультур с применением MALDI-TOF масс-спектрометрии. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2016;18(4):296-307.).
  • 15. Kok J., Thomas L.C., Olma T., Chen S.C.A., Iredell J.R. Identification of Bacteria in Blood Culture Broths Using Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization Sepsityper and Time of Flight Mass Spectrometry. PLoS One. 2011;6(8):e23285.
  • 16. Popov D.A., Ovseenko S.T., Vostrikova T.Yu. Express identification of positive blood cultures using direct MALDI-TOF mass spectrometry. Anesteziologiya i reanimatologiya. 2015;60(5):71-75. Russian. (Попов Д.А., Овсеенко С.Т., Вострикова Т.Ю. Экспресс-идентификация положительных гемокультур с помощью метода прямой MALDI-TOF масс-спектрометрии. Анестезиология и реаниматология. 2015;5:71-75.).
  • 17. Vincent J-L., Moreno R., Takala J., et al. The SOFA (Sepsis-Related Organ Failure Assessment) score to describe organ dysfunction/ failure. Intensive Care Med. 1996;22(7):707-710.
  • 18. Ferreira L., Sánchez-Juanes F., Munoz-Bellido J.L., González-Buitrago J.M. Rapid method for direct identification of bacteria in urine and blood culture samples by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry: intact cell vs. extraction method. Clin Microbiol Infect. 2011;17:1007-1012.
  • 19. Jakovljev A., Bergh K. Development of a rapid and simplified protocol for direct bacterial identification from positive blood cultures by using matrix assisted laser desorption ionization time-of- flight mass spectrometry. BMC Microbiol. 2015;15:258.
  • 20. Sung J.J., Park K.G., Han K., Park D.J., Park Y.J. Direct Identification and Antimicrobial Susceptibility Testing of Bacteria From Positive Blood Culture Bottles by Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry and the Vitek 2 System. Ann Lab Med. 2016;36:117-123.
  • 21. Angeletti S., Dicuonzo G., D’Agostino A., et al. Turnaround time of positive blood cultures after the introduction of matrix-assisted laser desorption-ionization time-of-flight mass spectrometry. New Microbiol. 2015;38:379-386.
  • 22. Schieffer K.M., Tan K.E., Stamper P.D., et al. Multicenter evaluation of the SepsityperTM extraction kit and MALDI-TOF MS for direct identification of positive blood culture isolates using the BD BACTECTM FX and VersaTREK diagnostic blood culture systems. J Appl Microbiol. 2014;116:934-941.
  • 23. Ruiz-Aragón J., Ballestero-Téllez M., Gutiérrez-Gutiérrez B., et al. Direct bacterial identification from positive blood cultures using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry: A systematic review and meta-analysis. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2018;36(8):484-492.
  • 24. Chien J.-Y., Lee T.-F., Du S.-H., et al. Applicability of an in-House Saponin-Based Extraction Method in Bruker Biotyper Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry System for Identification of Bacterial and Fungal Species in Positively Flagged Blood Cultures. Front Microbiol. 2016;7:1432.
  • 25. Lin J., Ge M., Liu T., Chang S., Lu J. A simple method for rapid microbial identification from positive monomicrobial blood culture bottles through matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. J Microbiol Immunol Infect. 2018;51(5):659-665.
  • 26. Morgenthaler N. G., Kostrzewa M. Rapid Identification of Pathogens in Positive Blood Culture of Patients with Sepsis: Review and MetaAnalysis of the Performance of the Sepsityper Kit. Int J Microbiol. 2015;827416:10.
  • 27. Tholpady S.S., Sifri C.D., Sawyer R.G., et al. Leuconostoc pseudomesenteroides blood stream infection following liver transplantation. Ann Transplant. 2010;15(1):61-66.
  • 28. Florescu D., Hill L., Sudan D., Iwen P. C. Leuconostoc Bacteremia in Pediatric Patients With Short Bowel Syndrome: Case Series and Review. Pediatr Infect Dis J. 2008;27(11):1013-1019.
  • 29. Horii T., Notake S., Tamai K., Yanagisawa H. Bacillus cereus from blood cultures: virulence genes, antimicrobial susceptibility and risk factors for blood stream infection. FEMS Immunol Med Microbiol. 2011;63:202-209.
  • 30. Bab'eva I.P., Chernov I.Ju. Yeasts biology. M.: 2004, p. 175-176. Russian. (Бабьева И.П., Чернов И.Ю. Биология дрожжей. М.: 2004, с. 175-176.).
  • 31. Lockhart S.R., Messer S.A., Pfaller M.A., Diekema D.J. Lodderomyces elongisporus Masquerading as Candida parapsilosis as a Cause of Bloodstream Infections. J Clin Microbiol. 2008;46(1):374-376.
  • 32. Ahmad S., Khan Z. U., Johny M., et al. Isolation of Lodderomyces elongisporus from the Catheter Tip of a Fungemia Patient in the Middle East Publishing Corporation. Case Rep Med. 2013;560406:5.
  • 33. Hatanaka S., Nakamura I., Fukushima S., Ohkusu K., Matsumoto T. Catheter-Related Bloodstream Infection Due to Lodderomyces elongisporus. J Infect Dis. 2016;69:520-522.
Просмотров
0 Аннотация
0 PDF
0 Цитирования
Поделились