В основу данных правил положены рекомендации и принципы международных ассоциаций ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors), COPE (Committee on Publication Ethics), WAME (World Association of Medical Editors), ORI (the Office of Research Integrity).
Журнал «Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия» принимает к публикации оригинальные статьи, клинические рекомендации, обзорные статьи и клинические случаи. К рассмотрению принимаются статьи на русском и английском языках.